研制出基因调控信息集成数据库以及分析软件平台。该平台一方面集成多个数据源的数据，包括基因序列数据、基因上游启动子区域、转录因子、转录调控元件、基因表达数据等， 同时通过分析原始的基因组数据，产生了大量的新数据，形成新的组合数据，这些新形式的数据便于研究基因表达调控的规律 。该平台另一方面集成查询工具、分析工具、数据挖掘工具和可视化工具，为用户提供基因调控信息分析服务。 研究出动态数据更新技术，设计出面向基因调控信息的智能代理软件。研制出跨平台的基因表达数据通用分析软件 IEAS，该软件提供多种表达数据分析工具和可视化工具，已经获得软件著作权。提出了基于内插马尔可夫模型识别转录调控元件的Gibbs方法，该方法在识别保守性差的调控元件和抗噪声能力方面具有一定的优势；提出了聚类能力及抗干扰能力强的基因表达数据谱聚类分析方法。发现了新的基因组序列特征，研制出基于特征的全新的基因组序列搜索工具。
